Ist Neuromorpho wissenschaftlichen Repository Das bietet die Möglichkeit, mehr downloaden 6.000 Digitale 3D-Rekonstruktionen, neuronalen Morphologien.
Hat Eingänge 58 Laboratorien die bringen ihre Modelle 45 Hirnregionen unterschiedlich.
Modelle können in zwei unterschiedlichen Formaten heruntergeladen werden, die notwendige Informationen für dreidimensionale Rekonstruktion der Morphologien der enthalten verschiedene Arten (Menschliche, Maus, Elefant, …)
NeuroMorpho.Org ist zum zentral kuratierte Bestand an Digital rekonstruierte Neuronen Zusammenhang mit Peer-review-Publikationen. Es enthält Beiträge von über 50 Labors weltweit und wird kontinuierlich aktualisiert, sobald neue morphologische Rekonstruktionen gesammelt werden, veröffentlicht, und freigegebenen. Sie geben, NeuroMorpho.Org ist die größte Sammlung von öffentlich zugänglichen neuronale 3D-Rekonstruktionen und zugehörige Metadaten.
http://neuromorpho.org/neuroMorpho/index.jsp
Suche in der Datenbank nach verschiedenen Kriterien kann sein, als die Art, die Hirnregion, der Typ des Neurons oder Labor, das es digitalisiert hat.
Es beinhaltet einen Viewer, der eine dreidimensionale Rekonstruktion des ausgewählten Neuron führt.
Herunterladbare Dateien
In SWF werden Dateien im Format von den Seiten des Repository heruntergeladen. Dafür müssen wir die Suchkriterien wählen gewünschte (Labor, Hirnregion, Typ des Neurons oder Arten).
Das Ergebnis der Suche wird uns eine Liste der Kopf Formen liefern, die die angegebenen Kriterien erfüllen.
Wir wählen diese Shapes, die Sie herunterladen möchten. Wählt man die Wurzel des Baumes, werden automatisch alle markieren, die unterhalb liegen.
Einmal die Auswahl, auf derselben Seite unten, Wir müssen den Download zu starten, indem Sie auf die Schaltfläche “SWC-Dateien zu erhalten“.
SWC-format
Die SWC-format Es bietet uns eine Datei im nur-Text mit unterschiedlichen Feldern.
Die drei dimensionale Struktur eines Neurons in einem SWC-Format dargestellt werden kann (Kanone et zu den., 1998). SWC ist eine einfache standardisierte format. Jede Linie hat 7 Felder, die Codierung der Daten für ein einzelnes neuronale Fach:
Die Datei enthält 3D Informationen ermöglicht es uns, 3D Polygone zu rekonstruieren (Zylinder oder Kegel befestigt) Es umreißt die räumliche Position der Kern des Neurons (Soma). Das Axon und die Dendriten (Basale und apikale). Neben der räumlichen Position dieser Punkte, für jede von ihnen hat den Radio mittlere neuronale Zweig, zusammen mit Informationen zu aktivieren “Bestellung” oder die Kontinuität der Eckpunkte des Polygons zu schaffen.
Der erste Teil der Datei enthält einen Header mit allgemeinen Informationen der Autoren, Bedingungen für den Erwerb der Digitalisierung und Labor. Die Zeilen der Textdatei, die mit dem Symbol beginnen “#” muss als Kommentar verstanden werden.
Im folgenden finden Sie die Beschreibung der Morphologie. Eine Textzeile wird für jeden Punkt verwendet werden (zunehmende sequenziell nummeriert) und dann ein paar numerische Felder.
Die Reihenfolge der Felder in jeder Zeile ist:
- Ganzzahl, die den Scheitelpunkt kennzeichnet (ein Etikett mit einer unterschiedlichen Anzahl für jeden Punkt)
- Vertex-Typ (Gibt den Typ der Struktur von)
0 – Unbestimmte
1 – Soma
2 – Axon
3 – Basaler Dendrit
4 – Apikaler Dendrit - X-Koordinate des Scheitelpunktes
- Koordinate und vertex
- Z-Koordinate des Scheitelpunktes
- Mittleren Abschnitt-radio
- Vorherigen Eckpunkt in der Struktur (übergeordneten Knoten)
Jeder Strukturknoten hat eine eindeutigen Knoten übergeordneten, der erste Knoten hat einen Wert “-1” in diesem Bereich. Der Index des übergeordneten Knotens ist immer kleiner als der Index des untergeordneten Knotens.
Der Kernel kann eine zentrale Anlaufstelle sein., oder es kann gebildet werden, um mehr als eins.
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