Neuromorpho הוא מאגר מדעי הוא מציע את האפשרות להוריד יותר מ 6.000 שחזורים דיגיטליים 3D, של מורפולוגיות של נוירונים.
יש תרומות 58 מעבדות התורמים שלהם מודלים של 45 אזורים במוח שונות.
ניתן להוריד מודלים בשתי תבניות שונות המכילות את המידע ההכרחי עבור שחזור תלת מימדי של מורפולוגיות של מינים שונים (אנושי, העכבר, פיל, …)
NeuroMorpho.Org הוא מרכזי אצר למצאי נוירונים דיגיטלית המשוחזרת המשויכים פירסומים. הוא מכיל תרומות מלהסתיים 50 מעבדות ברחבי העולם והוא מתעדכן באופן רציף כפי שחזורים מורפולוגי חדש נאספים, לאור, משותפות. אתן לך, NeuroMorpho.Org הוא האוסף הגדול ביותר של שחזורים תלת-ממד עצביים נגיש לציבור, מטא-נתונים משויכים.
http://neuromorpho.org/neuroMorpho/index.jsp
חיפוש במסד הנתונים תחת קריטריונים שונים יכול להיות, כמו המין, האזור במוח, הסוג של תא עצב או מעבדה יש דיגיטציה זה.
היא משלבת הצופה שמבצע שחזור תלת מימדי של נוירון שנבחרו.
קבצים להורדה
לקובץ swf בפורמט קבצים ניתן להוריד מאתר העמודים של המאגר. בשביל זה נצטרך לבחור את הקריטריונים של החיפוש הרצוי (מעבדה, אזור המוח, סוג של תא עצב או מינים).
תוצאת החיפוש יספקו לנו רשימה של צורות ראש העונים לקריטריונים שצוינו.
אנו יבחר את הצורות שברצונך להוריד. אם תבחר את השורש של העץ, באופן אוטומטי יסמן את כל זה מתחת..
פעם אחת את הבחירה, באותו העמוד בתחתית, יהיה לנו להתחיל בהורדה על-ידי לחיצה על כפתור “לכי להביא את התיקים SWC“.
תבנית SWC
El תבנית SWC הוא מציע לנו קובץ טקסט רגיל עם שדות שונים.
שלושת ממדי המבנה של נוירון יכול להיות מיוצג בתבנית SWC (תותח ואח., 1998). SWC היא תבנית Standardized פשוטה. כל שורה יש 7 שדות קידוד נתונים עבור תא עצבי יחיד:
הקובץ מכיל נתוני תלת-ממד מאפשר לנו לבנות מחדש מצולעים תלת-ממד (צילינדרים או קונוסים מחוברים) זה מתאר את המיקום המרחבי של הגרעין של נוירון (סומה). האקסון של דנדריטים (הבסיס ולבלוב). בנוסף המיקום המרחבי של נקודות אלה, עבור כל אחד מהם כולל הענף עצביים בינוני רדיו, יחד עם מידע המאפשר “סדר” או להקים את ההמשכיות של הקודקודים של המצולע.
החלק הראשון של הקובץ מכיל כותרת עליונה עם המידע הכללי מן המחברים, תנאים להשגת של דיגיטציה, מעבדה. הקווים של קובץ הטקסט המתחילות הסמל “#” יש להבין את ההערות.
להלן תמצאו התיאור של המורפולוגיה. שורת טקסט ישמש עבור כל נקודה (ממוספרות לפי הסדר גדל והולך) אז כמה שדות מספריים.
סדר השדות בכל שורה הוא:
- מספר שלם המזהה הקודקוד (תווית עם מספר שונה עבור כל נקודה)
- סוג קודקוד (מציין איזה סוג של מבנה מ)
0 – לא מוגדר
1 – סומה
2 – האקסון
3 – דנדריט הבזליים
4 – דנדריט הפסגה - קואורדינטת X של הקודקוד
- קואורדינטות, קודקוד
- Z-קואורדינטות של הקודקוד
- המקטע האמצעי-רדיו
- קודקוד הקודם במבנה (צומת האב)
בכל צומת מבנה יש הורה צומת ייחודית, הצומת הראשון יש ערך “-1” בתחום זה. האינדקס של שצומת האב הוא תמיד קטן מהממוצע האינדקס של הצומת הילד.
הקרנל יכולה להיות נקודה אחת, או זה עשוי להיווצר על-ידי יותר מפעם אחת.
חייב להיות מְחוּבָּר לפרסם תגובה.