Est-Neuromorpho référentiel scientifique qui offre la possibilité de télécharger plus de 6.000 Reconstructions numériques 3D, morphologies neuronales.
Dispose d'entrées 58 laboratoires qui apportent leurs modèles 45 des régions du cerveau différent.
Les modèles peuvent être téléchargés dans deux formats différents qui contiennent les informations nécessaires pour la reconstruction tridimensionnelle de la morphologie de différentes espèces (Human, souris, éléphant, …)
NeuroMorpho.Org est à inventaire centralement organisée de neurones numériquement reconstituées associé de publications révisées par des pairs. Il contient des contributions d'être terminée 50 laboratoires dans le monde entier et est actualisé en permanence de nouvelles reconstitutions morphologiques sont recueillies, publié, et partagée. Pour vous donner, NeuroMorpho.Org est la plus grande collection de reconstructions 3D neuronales accessibles au public et les métadonnées associées.
http://neuromorpho.org/neuroMorpho/index.jsp
Recherche dans la base de données selon différents critères peut être, comme les espèces, la région du cerveau, le type de neurone ou de laboratoire qui a numérisé il.
Il intègre une visionneuse qui effectue une reconstruction tridimensionnelle du neurone sélectionné.
Fichiers téléchargeables
En SWF, fichiers au format peuvent être téléchargés depuis les pages du référentiel. Pour cela, nous allons devoir sélectionner les critères de recherche souhaitée (Laboratoire, région du cerveau, type de neurone ou espèces).
Le résultat de la recherche va nous fournir une liste de formes de tête qui répondent aux critères spécifiés.
Nous allons sélectionner les formes que vous souhaitez télécharger. Si vous sélectionnez la racine de l'arborescence, tous ceux qui sont dessous marquera automatiquement.
Une fois la sélection, sur la même page en bas, Nous allons devoir commencer le téléchargement en cliquant sur le bouton “Téléchargez les fichiers SWC“.
Format de CFC
Le Format de CFC Il nous offre un fichier au format texte brut avec d'autres champs.
Les trois structure tridimensionnelle d'un neurone peut être représentée dans un format SWC (Canon et à la., 1998). CFC est un format standardisé simple. Chaque ligne a 7 champs d'encodage des données pour un seul compartiment neurale:
Le fichier contient des informations 3D permet de reconstruire les polygones 3D (cylindres ou cônes attachés) Il décrit la position spatiale du noyau du neurone (Soma). l'axone et les dendrites (Basale et apicale). En plus de la position spatiale de ces points, pour chacun d'eux a la branche neuronale moyen radio, ainsi que de l'information permettant “Ordonnance” ou d'établir la continuité des sommets du polygone.
La première partie du fichier contient un en-tête avec les informations génériques auprès des auteurs, conditions d'obtention de la numérisation et de laboratoire. Les lignes du fichier texte qui commencent par le symbole “#” doit être comprise comme un commentaire.
Ci-dessous vous trouverez la description de la morphologie. Une ligne de texte sera utilisée pour chaque point (numérotées dans l'ordre croissant) et puis quelques champs numériques.
L'ordre des champs dans chaque ligne est:
- Entier qui identifie le vertex (une étiquette avec un numéro différent pour chaque point)
- Type de sommet (indique le type de structure à partir)
0 – Indéfinie
1 – Soma
2 – Axon
3 – Dendrite basale
4 – Dendrite apicale - Coordonnée X du vertex
- Coordonnées et vertex
- Z: coordonnée du vertex
- Moyenne section-radio
- Précédent sommet dans la structure (nœud parent)
Chaque nœud de la structure a un parent du nœud unique, le premier nœud a une valeur “-1” dans ce domaine. L'index du nœud parent est toujours inférieur à l'index du nœud enfant.
Le noyau peut s'avérer un point unique, ou il peut être formé par plus d'un.
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