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Neuromorpho : Base de datos gráfica de morfologías neuronales en formato SWC

Neuromorpho es un repositorio científico que ofrece la posibilidad de descargar más de 6.000 reconstrucciones digitales en 3D, de morfologías de neuronas.

Tiene aportaciones de 58 laboratorios que aportan sus modelos de 45 regiones cerebrales diferentes.

Los modelos se pueden descargar en dos formatos diferentes que contienen la información necesaria para la reconstrucción tridimensional de las morfologías de diferentes especies (Humano, ratón, elefante, …)

NeuroMorpho.Org is a centrally curated inventory of digitally reconstructed neurons associated with peer-reviewed publications. It contains contributions from over 50 laboratories worldwide and is continuously updated as new morphological reconstructions are collected, published, and shared. To date, NeuroMorpho.Org is the largest collection of publicly accessible 3D neuronal reconstructions and associated metadata.

Neuromorpho

http://neuromorpho.org/neuroMorpho/index.jsp

La búsqueda en la base de datos se puede realizar bajo diferentes criterios, como la especie, la región cerebral, el tipo de neurona o el laboratorio que la ha digitalizado.

Incorpora un visor que realiza una reconstrucción tridimensional de la neurona seleccionada.

Descarga de ficheros

Se pueden descargar los ficheros en formato SWF desde las páginas del repositorio. Para ello deberemos seleccionar el criterio de búsqueda que deseemos (Laboratorio, región cerebral, tipo de neurona o especie).

El resultado de la búsqueda nos ofrecerá un listado con las morfologías que cumplan el criterio especificado.

Seleccionaremos aquellas morfologías que deseemos descargar. Si seleccionamos la raiz del árbol, automáticamente se marcaran todas las que se encuentren por debajo.

Una vez finalizada la selección, en la misma página en la parte inferior, deberemos iniciar la descarga pulsando sobre el botón “Get SWC files“.

Formato SWC

El formato SWC nos ofrece un fichero de texto plano con diferentes campos.

The three dimensional structure of a neuron can be represented in a SWC format (Cannon et al., 1998). SWC is a simple Standardized format. Each line has 7 fields encoding data for a single neuronal compartment:

El fichero contiene información tridimensional que permite reconstruir polígonos 3D (cilindros o conos acoplados) que esquematizan la posición espacial del núcleo de la neurona (soma). el axón y las dendritas (basales y apicales). Además de la posición espacial de estos puntos, para cada uno de ellos se tiene el radio medio de la rama neuronal, junto con información que permite “ordenar” o establecer la continuidad de los vértices del polígono.

La primera parte del fichero contiene una cabecera con información genérica de los autores, laboratorio y condiciones para la obtención de la digitalización. Las líneas del fichero de texto que comienzan con el símbolo “#” deberan ser entendidas como comentarios.

A continuación nos encontraremos la descripción de la morfología. Para cada punto se utilizará una línea de texto (numeradas en orden secuencial creciente) y a continuación unos campos numéricos.

El orden de los campos en cada línea es:

  • Número entero que identifica el vértice (etiqueta con distinto número para cada punto)
  • Tipo de vértice (indica a que tipo de estructura pertenece)
    0 – Indefinido
    1 – Soma
    2 – Axon
    3 – Dendrita basal
    4 – Dendrita apical
  • Coordenada x del vértice
  • Coordenada y del vértice
  • Coordenada z del vértice
  • Radio medio de la sección
  • Vértice anterior en la estructura (nodo padre)

Cada nodo de la estructura tiene un único nodo padre, el primer nodo tiene un valor “-1” en este campo. El índice del nodo padre siempre es menor que el índice del nodo hijo.

El núcleo puede ser un único punto, o puede estar formado por más de uno.

NEUROCIENCIA

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