Las animaciones por ordenador se usan principalmente para crear películas o cortos de animación que sirven para entretenernos. También son una poderosa herramienta que dan soporte a la publicidad en general.

Una interesante iniciativa científica se apoya en herramientas gráficas de edición tridimensional, en particular en el motor de juegos de Blender, para desarrollar una metodología de simulación y comunicación de procesos biológicos a nivel molecular.
Molecular Flipbook es una nueva herramienta “с открытым исходным кодом” desarrollada aprovechando software libre para dotar a los científicos y educadores de una herramienta específica de animación a partir de moléculas básicas: las proteinas. Estos objetos pueden obtenerse a partir de los bancos de proteinas existentes en la actualidad.