Neuromorpho es un Repository scientifico que ofrece la posibilidad de descargar más de 6.000 Ricostruzioni digitali 3D, morfologie neuronali.
Tiene aportaciones de 58 laboratori que aportan sus modelos de 45 regioni cerebrali diverso.
Modelli possono essere scaricati in due diversi formati che contengono le informazioni necessarie per la ricostruzione tridimensionale delle morfologie del diverse specie (Umana, topo, elefante, …)
NeuroMorpho.Org è a magazzino centrale a cura di neuroni ricostruiti digitalmente associati pubblicazioni pari-riviste. Esso contiene contributi da sopra 50 laboratori in tutto il mondo e viene continuamente aggiornato come nuove ricostruzioni morfologici sono raccolti, pubblicato, e condivisa. Per darvi, NeuroMorpho.Org è la più grande collezione di ricostruzioni 3D neuronale pubblicamente accessibili e i metadati associati.
http://neuromorpho.org/neuroMorpho/index.jsp
Ricerca nel database secondo diversi criteri può essere, come le specie, la regione del cervello, il tipo di neurone o di laboratorio che ha digitalizzato e.
Incorpora un visualizzatore che esegue una ricostruzione tridimensionale del neurone selezionati.
File scaricabili
In SWF file di formato possono essere scaricati dalle pagine del repository. Per questo dovremo selezionare i criteri di ricerca che si desidera (Laboratorio, regione del cervello, tipo di neurone o specie).
Il risultato della ricerca ci fornirà un elenco di forme testa che soddisfano i criteri specificati.
Selezioniamo quelle forme che si desidera scaricare. Se si seleziona la radice dell'albero, segnerà automaticamente tutti quelli che sono di sotto.
Una volta la selezione, nella stessa pagina in basso, Dovremo avviare il download cliccando sul pulsante “Ottenere file SWC“.
Formato SWC
Gli Formato SWC Ci offre un file in formato testo con diversi campi.
I tre struttura dimensionale di un neurone può essere rappresentato in un formato SWC (Cannone et alla., 1998). SWC è un semplice formato standardizzato. Ogni linea ha 7 campi codifica dati per un unico vano neurale:
Il file contiene informazioni 3D ci permette di ricostruire i poligoni 3D (cilindri o coni allegate) Esso delinea la posizione spaziale del nucleo del neurone (Soma). l'assone e dendriti (Basale e apicale). Oltre alla posizione spaziale di questi punti, per ognuno di loro ha il ramo di un neurone media radio, insieme di informazioni che consente “ordine” o stabilire la continuità dei vertici del poligono.
La prima parte del file contiene un'intestazione contenente informazioni generiche da parte degli autori, condizioni per l'ottenimento di digitalizzazione e di laboratorio. Le righe del file di testo che iniziano con il simbolo “#” deve essere inteso come commenti.
Qui di seguito troverete la descrizione della morfologia. Una riga di testo verrà utilizzata per ogni punto (numerati in ordine sequenziale crescente) e poi alcuni campi numerici.
L'ordine dei campi in ciascuna riga è:
- Valore integer che identifica il vertice (un'etichetta con un numero diverso per ogni punto)
- Tipo di vertice (indica il tipo di struttura da)
0 – Tempo indeterminato
1 – Soma
2 – Assone
3 – Dendrite basale
4 – Dendrite apicale - Coordinata X del vertice
- Coordinata e vertice
- Coordinata Z del vertice
- Sezione medio-radio
- Precedente vertice nella struttura (nodo padre)
Ogni nodo della struttura ha un genitore unico nodo, il primo nodo ha un valore “-1” in questo campo. L'indice del nodo padre è sempre minore di indice del nodo figlio.
Il kernel può essere un singolo punto, o può essere formato da più di uno.
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