É Neuromorpho Repositório Científico que oferece a possibilidade de baixar mais de 6.000 Reconstruções digitais em 3D, morfologias neuronais.
Tem entradas 58 laboratórios que trazem seus modelos 45 regiões cerebrais diferente.
Os modelos pode ser baixado em dois formatos diferentes, que contêm as informações necessárias para a reconstrução morfologias tridimensionais espécies (Humano, mouse, elefante, …)
NeuroMorpho.Org é um inventário curadoria central de neurônios reconstruídas digitalmente associado com publicações peer-reviewed. Ele contém contribuições de mais de 50 laboratórios em todo o mundo e é atualizado continuamente como novas reconstruções morfológicas são recolhidas, publicado, e compartilhado. Até à data, NeuroMorpho.Org é a maior coleção de acesso público reconstruções 3D neuronais e metadados associados.
http://neuromorpho.org / neuroMorpho / index.jsp
A busca no banco de dados pode ser realizada sob critérios diferentes, como espécies, região do cérebro, o tipo de neurónio ou laboratório que foi digitalizado.
Incorpora um espectador que executa uma reconstrução tridimensional do neurónio seleccionados.
Download de arquivos
Você pode baixar os arquivos no formato SWF a partir das páginas do repositório. Para fazer isso, selecione os critérios de pesquisa que deseja (Laboratório, região do cérebro, tipo de neurônio a espécie).
O resultado da pesquisa nos dará uma lista de morfologias que atendem aos critérios especificados.
Morfologias irá selecionar aqueles que deseja fazer o download. Se você selecionar a raiz da árvore, automaticamente ser marcado todos os que estão abaixo.
Após a selecção, na mesma página, na parte inferior, vamos começar o download, clicando no botão “Obter arquivos SWC“.
Formato SWC
O Formato SWC oferece um arquivo de texto simples com diferentes campos.
A estrutura tridimensional de um neurónio três podem ser representados num formato SWC (Canhão et al., 1998). SWC é um formato padronizado simples. Cada linha tem 7 campos de codificação de dados para um único compartimento neuronal:
O arquivo contém informação tridimensional permite reconstruir polígonos 3D (cilindros a cones Acoplados) diagrama que a posição espacial do núcleo do neurónio (soma). o axônio e dendritos (basal e apical). Além da posição espacial dos pontos, para cada uma delas é o raio médio da ramificação neuronal, juntamente com a informação que permite “ordem” ou estabelecer a continuidade dos vértices do polígono.
A primeira parte do arquivo contém um cabeçalho com informações gerais dos autores, condições de laboratório para a obtenção digitalizado. As linhas do arquivo de texto que começam com o símbolo “#” As inscrições devem ser entendidas como.
Aqui encontramos a descrição da morfologia. Para cada ponto de uma linha de texto utilização (numerados seqüencialmente aumentando) e, em seguida, alguns campos numéricos.
A ordem dos campos em cada linha é:
- Um número inteiro que identifica o vértice (rotulados com números diferentes para cada ponto)
- Vertex Tipo (indica qual o tipo de estrutura pertence)
0 – Indefinido
1 – Soma
2 – Axon
3 – DENDRITE basal
4 – Dendríticas apical - Coordenada x do vértice
- Coordenar do vértice
- Z coordenadas do vértice
- Rádio via seção
- Vértice anterior na estrutura (nodo padre)
Cada nó da estrutura tem um único nó pai, o primeiro nó possui um valor “-1” no campo. O índice do nó pai é sempre menor do que o índice do nó filho.
O núcleo pode ser um único ponto, ou pode ser constituído por mais do que um.
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